12月17日下午，崔永元正式在其个人 发表声明入职中国传媒大学任教，此前众说纷纭的“离职说”总算尘埃落定。然而，离开央视后的崔永元本色不改，除了继续落地河南卫视录制文化类节目《成语英雄》，在节目录制第二天后远赴美国调查转基因真相，誓将“实话实说”到底。而早前，崔永元曾和方舟子交战，近日更是暗示方舟子私下里向央视告状，这或者也成为其离职央视的一部分原因。
崔永元和方舟子纷争的焦点是近年来的“转基因食品”。对于转基因，崔永元站在普通大众的角度，认为我不了解的东西，那么我可以选择不吃，我不愿意做第一个吃螃蟹的勇士，这是我的权利。但是小崔口中的选择权利却招致方舟子的炮轰，他在 回应小崔：“你没有资格质疑，应当创造条件让国人可以天天吃转基因食品。”
作为知名主持人，崔永元的大胆之言和执着一向出人拔萃，面对方舟子的反击与其在 上展开论战，两人也从单一的转基因食品是否安全话题转移到对个人人品的质疑，崔永元就曾在 中对方舟子向央视告状自己一事表示：“假装在网上和你辩论，私下向你单位偷偷告状，告状的频率是每周一告或每天一告，单位与你核实用一天或一周，如此这般，周而复始，恶心。”
日前，正在美国拍摄转基因纪录片的崔永元意外发回一段个人视频，视频中的他言辞激烈，表示：“在推广转基因技术这方面，我觉得其实我们看到了另一个方舟子，这个方舟子有点利益熏心，这个时候他开始不讲逻辑不讲方式，甚至不讲科学的方法，也不讲科学的规律，就是一个懂一点科学的一个市民混混，甚至我说难听一点，就是一个文痞甚至流氓，就是这样一个角色。”
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